Người đứng đầu Thư viện Bodleian được gọi là "Thủ thư Bodley". Người thủ thư đầu tiên, Thomas James, được Bodley chọn vào năm 1599 và trường đại học đã xác nhận James trong bài đăng của ông vào năm 1602.[53][54] Bodley muốn người thủ thư của mình là "một người được chú ý và biết đến là một sinh viên siêng năng và trong tất cả các cuộc trò chuyện của họ đáng tin cậy, tích cực và kín đáo, một sinh viên tốt nghiệp và một nhà ngôn ngữ học, không bị vướng vào hôn nhân, cũng không được hưởng lợi một Thánh chức",[55] mặc dù James đã có thể thuyết phục Bodley cho phép anh ta kết hôn và trở thành Hiệu trưởng của Nhà thờ St Aldate's, Oxford.[54]

Tổng cộng, 25 người đã làm chức thủ thư của Bodley; mức độ siêng năng của họ đã thay đổi qua nhiều năm. Thomas Lockey (1660-1665) được coi là không phù hợp với chức vụ,[56] John Hudson (1701-1719) đã được mô tả là "sơ suất nếu không có khả năng",[57] và John Price (1768-1813) đã bị buộc tội bởi một học giả đương đại về "sự bỏ bê thường xuyên và liên tục nhiệm vụ của mình".[58]

Sarah Thomas, người phục vụ từ năm 2007 đến 2013, là người phụ nữ đầu tiên giữ vị trí này và là Thủ thư thứ hai (sau người tiền nhiệm của bà, Reginald Carr) cũng là Giám đốc Dịch vụ Thư viện của Đại học Oxford (nay là Thư viện Bodleian). Thomas, người Mỹ, cũng là thủ thư nước ngoài đầu tiên điều hành Bodleian.[59] Người kế vị của cô từ tháng 1 năm 2014 là Richard Ovenden, người từng là Phó thủ thư dưới quyền bà Thomas.